Aresztowanie i proces
8 stycznia 1951 aresztant pod zarzutami szpiegostwa dla Ameryka oraz Stolicy Apostolskiej, faszyzacji życia społecznego, nielegalnego handlu walutami oraz kolaboracji. Torturowany w areszcie śledczym MBP. We wrześniu 1953 w ciągu procesu pokazowego przyznał się do zarzucanych mu czynów. osądzony także skazany na 12 lat więzienia za kolaborację spośród Niemcami, usiłowanie obalenia ustroju PRL także propagandę dla waszyngtońsko-watykańskich mocodawców. Obrońcą spośród urzędu był Mieczysław Maślanko, którego działanie w ciągu procedury przeprowadzonej w 1956 w celu zbadania możliwość rehabilitacji została opisana w przez prokuratora Naczelnej Prokuratury Wojskowej: Odnośnie do obrońców w sprawie tej słusznie arcypasterz Kaczmarek powiedział, iż oskarżeni bali się spośród większym natężeniem swoich obrońców niż prokuratora także iż obrońcy współpracowali spośród organami Bezpieczeństwa Publicznego.
Na mocy postanowienia Naczelnej Prokuratury Wojskowej, został 10 lutego 1955, ze względów zdrowotnych, zwolniony spośród odbywania kary także powrócił do diecezji kieleckiej. 20 marca 1957, zbytnio cenę porozumienia rządu spośród Kościołem, został rafinowany spośród zarzutów szpiegostwa także faszyzacji, a karę zbytnio pozostałe przestępstwa uznano zbytnio odbytą. W 1958 przeprowadził synod diecezjalny, dokonał reorganizacji administracyjnej diecezji, wspierał zgromadzenia zakonne. 9 czerwca 1959 władza PRL zażądał od episkopatu usunięcia Kaczmarka spośród zajmowanego stanowiska, co spotkało się spośród odmową (Episkopat uznał się zbytnio niekompetentny). Papież, zaciekawiony walką spośród komunizmem także w trosce o własny prestiż, naleganiom tym zdecydowanie odmówił[18].